Cizre Nuh (AS) ve oğulları tarafından Tufan sonrası kurulmuştur. Nuh Peygamber türbesinin Cizre’de olması Cizre Surlarının gemi şeklinde oluşu, Gut, Babil, Asir yazıtlarında da Tufan olayını kanıtlamaktadır. 1953-1954 yıllarında Cizre’de yapılan kazılarda bulunan bir plakette, Cizre adının Bazib da (GERZUBAKARTA) olup, nüfusunun 1. 850. 000 olduğunu yazmaktadır. Şehir sınırlarının Katran köyünden kurtuluş köyüne Güzeller köyünden Cafer SADIK’a kadar devam ettiği bilinmektedir. Nuh Peygamber den Gutilere kadar Cizre tarihi bir karanlık içinde olduğundan elimizde belge bulunmamaktadır.

Cizre M. Ö. 4000 yıllarından itibaren Gerzubakarta adıyla Guti devleti hakimiyeti altındadır. Gutiler döneminde ilk Cizre suru yaptırıldı. Gutiler önceleri Cizre, Dicle, Cudi dağı arasında kalan bölgede hükümran iken sonra Zagros dağları ile Botan (Kentrites) suyuna kadar uzanmış ve bölgeye Gutiyum (Gudiyum) denilmiştir. Daha sonra bu bölgeye savaşçı, kuvvetli anlamında Karday denildi. Tarihçi İbnuksir Dicle’nin sonunda 200 köyü bulunan Karday adıyla bir büyük ilin bulunduğunu yazmaktadır.

Cizre’yi Nemrut Bin Koz Bin Ham Bin Nuh emrinde görüyoruz. M. Ö. 1894 yılında l. Babil Devleti yönetimine girmiştir. Babil Cizre’ye 22 Km mesafededir. Dünyanın bir çok yerine tarihi eserleri kaçırılmıştır. Kral Hammurabi Cizre’ye gerekli önemi vermiş ve birçok eserler kazandırmıştır. Şimdi de Kebeli köyünde (BABİL) efsanevi hikayeler ile Hammurabi den bahsedilmektedir.

Cizre M. Ö. 1595 yılında Babil egemenliğinden Arap egemenliğine geçmiştir. Daha sonra Asur Kralı Senpilos M. Ö. Cizre’yi kendi ülkesine kattı. Tufan olayını anlatan Asur Kralı Sanherip, Cudi nin tepesine 6 adet kabartma heykelini yaptırmıştır. Ayrıca Cudi dağının üzerinde tapınaklar yaptırmış, Cizrenin Nuh Peygamber Camii içinde bulunan mezarını restore ettirmiş ve Cizre surlarını tekrar onartmıştır. Medler ve Babilliler Asur başkenti olan Ninovayı M. Ö. 612 de ele geçirince Cizre Medlerin eline geçti. Med devleti döneminde Cizre çok gelişmiş, çeşitli eserler kazandırmıştır. M. Ö. 550 yılında Cizre Pers Hakimiyeti altına girdi. M. Ö. 331 yılında Pers Kralı III. Daryus Büyük İskender’e yenilince Cizre’de zaptedilmiş oldu. M. Ö. 301 yılında Selevkos egemenliği altına girdi. M. Ö. 130 yılında Selevkosların elinden alınarak Portların eline geçti. İran Sasani Hükümdarı Erdeşi Babıkan 226 yılında Portları yenilgiye uğratarak Cizre’yi de hakimiyeti altına aldı. Czre’de bir çok imar hareketlerine girişildi. Erdeşir Babekan döneminde Saray Burnu kapısı yaptırıldı. Aslanlar ve kitabe konuldu. İslam Peygamberi Hz. Muhammed tüm devlet başkanlarına davet mektuplarını gönderiyordu. İran Sasani Hükümdarı Kisra II. Hüsrev (Perviz) e mektup gönderip, islamiyeti seçmesini istedi. Cizre 639 yılında HZ. Ömer zamanında ordu komutanı İyaz Bin Ganem komutasındaki ordu ile savaşmadan mektupla teslim olmuştur. Bu dönemde Cizre’de kilise olan bina (Ulucami) camiye çevrilmiştir. Cizre de bu cami üniversite olarak Hz. Ömer tarafından kullanılmıştır. Halen de İsmi Camia olarak adlandırılmaktadır. Camia arapça da Üniversite demektir. 750 yılından sonra Cizre Abbasilerin egemenliğini tanımıştır. Abdulaziz İbn Ömer adında bir Vali’yi Cizre’ye atadılar. Böylece Cizre Vilayet merkezi oldu. Bu Vali kanalizasyon, cami, köprü, hamam ve imar hareketlerine başladı. Cizreyi o kadar bayındır bir hale getirdiki Cizrenin adı onun adı ile anılmaya başlandı. 1057 yılında Selçuklu sultanı Tuğrul Bey, Cizreyi kuşatmasına rağmen alamamıştır. Ancak Büyük Selçuklu Sultanı Melikşah’ın veziri tarafından 1085 yılında alınmıştır. 1096 yılında son Mervani hükümdarı Mansur’un ölümünden sonra Cizre de bu saltanatta sona erdi. Artuklular döneminde büyük fizikçi, alim, mucit İsmail Ebul-iz El Cezeri yetişmiştir. Bu zat’ın 60 makinesi dünya mühendislerini hayrette bırakmıştır. Robot, saat ve su makineleri onun mucididir. 1127 yılında Cizre;Musul Zengi devletinin hükümdarlarından İmadeddin İbn Aksankar tarafından alınmıştır. Cizre onun döneminde bir eyalet haline getirilmiştir. Kudbettin Meudut Han döneminde Cizre de Taş Köprü yaptırılmıştır. Bir ara Zengiler başkentini de Cizre ye almıştır.

Ebulkasım Mahmut Sencer Şah zamanında Cizre de Ulu Cami minaresi ile Ulu Caminin bir çok yıkılan yeri yaptırılmıştır. Ulu cami kapısı üzerindeki ejderler ve işlemeleri İsmail Ebul-iz Bin Rezzaz El-Cezeri yapmıştır. 1185 yılında Cizre büyük komutan Selahaddin Uyubbi yönetimine girdi. 1252 yılında Cizre Musul Atabeyleri egemenliği altına girdi. 1258 yılında Cizre Moğol hükümdarı Hülagunun hakimiyeti altına girdi. Cizre de Hülagu adına sikkeler bastırıldı. 1260 yılından itibaren Cizre beyliği dönemi başlamıştır. Bu devre Mirekler devride denilir. Mem-u Zin olayı Cizre beyliği döneminde olmuştur. Cizre beyliği 1627 yılına kadar hüküm sürmüştür.

1627 yılından itibaren Osmanlı Devleti bu beyliğe son vermiştir. Önceleri Diyarbakır Sancak Beyliğine bağlı iken 1841 yılında da Musul’a bağlanmıştır. Cizrenin sevk ve idaresi ile görevlendirilen Bedirhan beyin yönetimindeki Nasturi aşiretlerinin yaptıkları olumsuz bir takım hareketler Bedirhan beyin Musul Valisinin gözünden düşmesine sebep olmuştur. Bu sıralarda Müşir Osman Paşa komutasındaki orduya itaatsizlik eden Bedirhan bey görevden alınarak, yerine yeğeni İzzeddin Şir getirilmiştir. Bundan sonra yönetime sırasıyla Mustafa Paşa, Abdulkerim Bey, İbrahim Bey ve onun da ölümü ile Hamidiye Kaymakamı Tahir Ağa getirilmiştir. Milli mücadele döneminde büyük başarılar gösteren Cizre ye Fransızlar gelir şehri savaşsız teslim almak isterlerse de halkın direnişi ve silahlanmayı görerek işgalden vazgeçmişlerdir. Milli mücadeleye katılan, şehit ve gazi olan bir çok Cizreli vardır. Cumhuriyet döneminden önce bakımsız olan Cizre, Cumhuriyet döneminden itibaren onarılmış modern bir ilçe olmuştur.